Het bestuur van de Gereformeerde kerken is net zoals in de hervormde kerk verdeeld in Generale- en Particuliere Synode, classis en kerkeraad, met ook hier als hoogste orgaan de Generale Synode.

Door alle particuliere synoden worden twee predikanten en twee ouderlingen, later ook een diaken naar de generale synode afgevaardigd. De Generale Synode wordt omt de twee jaar gehouden op een daarvoor aangewezen plaats. De synode adviseert haar mindere vergaderingen (particuliere synode, classis en kerkeraad) in zaken waarin zij geen oplossing weten te vinden. Ook behoort tot haar voornaamste taken aanwijzingen te geven voor de te gebruiken bijbelvertaling in de kerken, vaststellen van de belijdenisgeschriften, van de kerkorde, van het psalm-en gezangenboek, van de liturgische formulieren en van de orde van de dienst.

De classicale vergaderingen, welke tenminste een keer in de drie maanden gehouden worden, worden gevormd door een predikant en ouderling en ook hier later weer een diaken, uit elk der onder de classis ressorterende gemeenten. De voornaamste taken van de classes zijn het toezicht op de taak en ropeing der kerken, en hulp bieden aan de kerkeraad in moeilijke kwesties. De kerkeraad, welke in iedere gemeente aanwezig is, bestaat uit leden van die gemeente en vergadert eens per maand. Zij zijn belast met de kerkelijke leiding in die gemeente.

Tenminste drie in elkaars nabijheid gelegen classes vormen het ressort van een particuliere synode. Het ressort van de Particuliere Synode van Groningen bestond tot en met 1960 uit zes, tot 1967 uit zeven en daarna uit acht classes. Elke classis vaardigt predikanten, ouderlingen en later ook nog een diaken af naar de particuliere synode. Van te voren moeten de classes door middel van credentiebrieven aankondigen door welke personen zij zich op de particuliere synode zullen laten vertegenwoordigen. Een particuliere synode vergadert eens per jaar. Elk jaar wordt een nieuw moderamen (praeses, assessor, 1e en 2e scriba) gekozen. De synode behandelt de bij haar binnengekomen correspondentie, voorstellen uit de classes en adviseert in de daarvoor in aanmerking komende gevallen. Tevens houdt zij zich bezig met de naleving van de in de kerkorde vastgestelde artikelen.

De particuliere synode benoemt deputaatschappen ter uitvoering van de daarvoor in aanmerking komende artikelen uit de kerkorde. Deze deputaatschappen vergaderen ook meestal een keer per jaar en nemen zelf beslissingen aangaande hun taak. Zij zijn verplicht jaarlijks schriftelijk verslag van hun werkzaamheden te doen op de synode. Ook wijzigingen in hun reglementen worden op de synode besproken. Elk deputaatschap vormt een zelfstandig bestuur, dat verantwoording schuldig is aan de particuliere synode.

Op 12 oktober 1843 is besloten het deputaatschap ad art. 19 K.O., wat in 1840 was, officieel te handhaven. Art. 19 K.O. houdt in, dat de daarvoor in aanmerking komende theologie-studenten financiële steun kunnen krijgen.

Het bedoelde deputaatschap, ook wel de commissie Alumnorum genaamd, bepaalt wie financieel ondersteund wordt, en hoeveel deze steun zal bedragen. In bijzondere gevallen komen ook diegene voor financiële stuen in aanmerking, die met een voorbereidende studie aan een Gereformeerd gymnasium bezig zijn. De deputaten houden kontakt met de rectoren, aangaande het gedrag en de vorderingen van de door hen ondersteunde studenten. Na voltooiing van de studie is men verplicht het voor de studie verkregen bedrag terug te betalen, ook degene die zijn studie niet voltooid heeft is verplicht tot terugbetaling. De kas van de deputaten bestaat uit inkomsten uit collecten, restituties, erflatingen enz. en wordt aangeduid als kas "Exbonis publicis".

De financiële verzorging voor emeriti-predikanten, predikantsweduwen en -wezen is vastgelegd in art. 13 der kerkorde. Op de particuliere synode van 10 jun 1896 is ter financiële verzorging van hen een deputaatschap benoemd. Al bestond de financiële zorg voor hen al langer. In 1871, zo vermelden de notulen van de particuliere synode, is al een reglement ingevoerd. Zie voor dit reglement inv.nr. 2 achterin. Op de particuliere synode van 1896 heeft men gediscussieerd over de vraag of men de generale kas, een algemene kas voor het hele land, al dan niet zou opheffen ten behoeve van de provinciale kassen.

Met het oog op de verschillende plaatsen door het hele land, waar een predikant successievelijk Generale deputaten, door de generale synode aangewezen en er ook rechtstreeks onder ressorteren, beheren de algemene kas. Verder werd nog besproken of de nodige gelden verkregen zouden worden uit collecten of uit omslagen per gemeente. Toen werd gekozen voor het eerste, maar op de particuliere synode van 7 jun 1899, waarop de zaak weer aan de orde kwam, werd besloten omslag te heffen naar begroting der generale deputaten, omgeslagen over provincies, classes en gemeenten. De deputaten zijn verplicht financieel verslag te doen aan de generale deputaten, en natuurlijk schriftelijk verslag van hun werkzaamheden aan de particuliere synode.

Ook heeft de kerk de zorg op zich genoemen voor de in de gemeenten aanwezige behoeftige idioten, doofstommen en blinden. De zorg werd geregeld in art. 25 K.O. Op de particuliere synode van 12 juni 1935 heeft men dienaangaande besloten een kas ad art. 25 K.O. op te richten, en deze taak als een apart onderdeel van de diaconale aangelegenheden te beschouwen. Er werd dan ook besloten een deputaatschap te benoemen, waaraan de verzorgers van de behoeftige idioten, doofstommen en blinden financiële steun kunnen vragen. Het deputaatschap zoekt uit wie voor financiële steun in aanmerking komt en hoeveel deze zal bedragen. De kas werd gevuld door collecten en een eventueel tekort zou worden aangevuld door omslag per gemeente. De regeling is opgenomen in de acta van het jaar 1936 als bijlage IX op blz. 56.

Op de particuliere synode van 1951 komt de vraag over de taak van de diaconieën en van de overheid ten aanzien van de taak van de ziekenverpleging naar voren, en in verband hiermee de vraag of men de kas ad art. 25 K.O. niet zou kunnen opheffen. De meningen waren hierover nogal verschillend en men besloot de generale synode om advies te vragen. Op de particuliere synode van 1958 wordt besloten, na de generale synode gehoord te hebben, de kas ad art. 25 K.O. op te heffen en daarvoor in de plaats te stellen een deputaatschap voor onderlinge diaconale steunverlening der kerken, met de zorg voor de behoeftige idioten, doofstommen en blinden daarin begrepen.

Het laatste deputaatschap waarover iets te melden valt is het deputaatschap, belast met de verzorging van de hulpbehoevende kerken in de provincie Groningen. Dit is aangewezen ter uitvoering van art. 11 der kerkorde. Op 12 jun 1895 is hiervoor een reglement in werking getreden, hetwelk te vinden is op blz. 50 van inv.nr. 3. Het biedt financiële steun aan kerken die in moeilijkheden verkeren, na eerst onderzocht te hebben welke kerk het dringendst deze stun behoeft en in welke mate. Hun gelden verkrijgen ze uit collecten. Ook nu in 1972 bestaat dit deputaatschap nog.

In de loop der jaren zijn er heel wat deputaatschappen bij gekomen en de bestaande vaak gewijzigd, dit is ook wel logisch omdat de kerk zich steeds op breder terrein in de maatschappij gaat ontwikkelen. Daar alleen de bovenvermelde deputaatschappen archiefbescheiden hebben nagelaten in het archief van de particuliere synode, wordt enkel maar op die deputaatschappen ingegaan. Een behandeling van alle deputaatschappen zou de inleiding te uitgebreid maken.

Vanaf 1887 werd ook ieder jaar een provinciale diaconale conferentie in Groningen gehouden. Hier kwamen diakenen uit de gereformeerde gemeenten in Groningen tezamen om diaconale kwesties te bespreken. Vooral later kwam een spreker over een actueel onderwerp, waarna discussies plaatsvonden. Uit deze conferentie werd een comité gevormd van zes leden, dat het dagelijks bestuur verricht en de conferenties voorbereidt. Van de afzonderlijke vergaderingen van dit comité zijn de notulen in hetzelfde register als van de provinciale diaconale conferentie opgenomen. In 1966 besluit de particuliere synode de diaconale zaken alle samen te voegen in een algemeen diaconaal deputaatschap, wat zal gaan heten: "Deputaatschap voor Diakonale Arbeid in Groningen". Leden uit het comité van de provinciale diaconale conferentie zouden hierin ook zitting hebben. Het comité zou voortaan alleen nog de conferenties voor diakenen voorbereiden. Dit doen ze dan tot en met 1968, dan besluit het comité af te treden daar ze leden hun werkzaamheden te summier vinden.

In 2004 heeft de heer G.J. Kok een inventaris gemaakt van de archieven van de Ds. Th. Dellemanstichting, hierin is ook het archief van het deputaten Diaconaat en Samenleving (1948 - 2004) ondergebracht. Toegang: inv.nr. 2295.

In 2004 werd de Particuliere Synode van Groningen opgeheven vanwege het samengaan van de Hervormde Kerk en de Gereformeerde Kerken tot de Protestantse Kerk Nederland.

De slotzitting van de Particuliere Synode was 15 apr 2004.